Setelah merayakan kemenangan mereka melawan Al-Thamen, Aladdin dan teman-temannya berangkat dari tanah Sindria. Namun, dengan berakhirnya pertempuran, tiba waktunya bagi masing-masing dari mereka untuk berpisah. Hakuryuu dan Kougyoku diperintahkan untuk kembali ke negara asal mereka, Kou Kekaisaran. Sementara itu Aladdin mengumumkan dia harus menuju Magnostadt — negara misterius yang diperintah oleh para penyihir — untuk menyelidiki peristiwa misterius yang terjadi di kerajaan baru ini dan menjadi lebih mahir dalam sihir. Untuk bagian mereka, didorong oleh kata-kata Aladdin, Alibaba dan Morgiana juga berangkat dalam mengejar tujuan mereka sendiri: pelatihan dan pergi ke tanah airnya, masing-masing.
Magi: The Kingdom of Magic mengikuti teman-teman ini karena mereka semua pergi tentang petualangan terpisah mereka, masing-masing menghadapi tantangan mereka sendiri. Namun, ancaman baru mulai meningkat ketika perang besar membayangi cakrawala …